El Arzobispo electo, Dr. Tomás de Portes e Infante, ilustre hijo de la ciudad de Santiago de los Caballeros y uno de los portaestandartes de la cultura dominicana, escribió al Congreso Nacional el 27 de marzo de 1848 para la creación de un Colegio-Seminario.
El primer rector del Seminario Conciliar Santo Tomás de Aquino fue el Dr. Elías Rodríguez.
El Colegio-Seminario, puesto bajo el patrocinio del Doctor de la Iglesia y príncipe de los teólogos, SANTO TOMÁS DE AQUINO, en un principio funjió como un colegio mixto. En él podían cursar sus estudios tanto aquellos jóvenes que aspirasen al sublime y santo ministerio del altar, como todos aquellos que quisiesen dedicarse al cultivo de las Letras, de la Jurisprudencia o de la Medicina.
Doce jóvenes seminaristas de las diferentes provincias de la República dieron inicio a este proyecto, eran ellos: tres de Santo Domingo; tres de Santiago; dos de la Concepción de La Vega; dos de Compostela de Azua y dos de Santa Cruz del Seibo.
El Seminario fue en ese momento el único plantel educativo que existía entonces en la República Dominica, hasta la creación del Colegio de San Buenaventura, que en 1852 estableciera el Gobierno para estudios superiores de literatura y ciencias.
Para el 1862, expulsado el padre Meriño del país por protestar la anexión a España, restauró el Seminario el arzobispo Monzón. Para estos años, y no se ha encontrado la razón de ser, comenzó el Seminario a llamarse“DE LA PURÍSIMA CONCEPCIÓN Y DE SANTO TOMÁS DE AQUINO.
El Padre Meriño, El 1 de enero de 1867, en unión de los prohombres de esta Capital, fundó en la planta baja del Colegio Seminario una Biblioteca pública, que fue la primera del país.
- Traslación del Seminario Conciliar 1875. Mons. Roque Cocchia, Vicario Apostólico, determinó agregar el Seminario al Colegio San Luis Gonzaga, que dirigía en la Capital el Pbro. Can. Francisco X. Billini y Hernández.
- Reinstalación del Seminario 1880. “Mons. Roque Cocchia, consciente de su deber de Prelado y queriendo establecer sobre sólida base el funcionamiento del Seminario, determinó trasladarlo de nuevo a su antiguo local, remozado completamente.
- Para el 1884 tenía entonces el Seminario ocho cátedras: Teología Moral, Lugares Teológicos, Filosofía, Retórica, Latinidad de Mayores y de Menores, Gramática Castellana, Historia Universal e Inglés.
- Para abril de 1900 el Padre Fantino estaba al frente del Seminario Conciliar, dirigiendo no solo el Seminario, sino también la escuela preparatoria, anexa al Seminario, donde supo conquistar tantos lauros y formar tantos corazones jóvenes.
- El Arzobispo Nouel termina el Edificio del Seminario y lo pone bajo la Dirección de los Padres Eudistas 1907-1916. Fue el primer Rector Eudista el R. P. Félix de Martini, consagrado maestro de Derecho y Teología Moral.
- Padres Claretianos. El 5 de marzo de 1923 llegaron los primeros misioneros claretianos con la misión de reiniciar el seminario. El primer curso comenzó con 26 alumnos, pasando por las clases del Seminario, durante la administración de los Padres Claretianos, 152 alumnos, de los que veinte llegaron al sacerdocio. El primer alumno en inscribirse fue Octavio Antonio Beras.
- Mons. Beras y el Seminario. El 25 de diciembre, 1946 el obispo coadjutor, Mons. Beras escribió al presidente Trujillo para la construcción de un seminario único, en Santo Domingo, específicamente donde se encuentra la PUCMM recinto Santo Tomás, en la actual avenida Abraham Lincoln, de la ciudad Capital. Trujillo accedió y al celebrarse los 100 años del seminario se inauguró el nuevo edificio.
- Desde el 21 de junio de 1946 la Compañía de Jesús tomó la dirección del Seminario Mayor “Santo Tomás de Aquino”, entrando en posesión de la dirección del establecimiento. Con el R. P. Luis González Posada, S. J. como Rector.
- A partir del año 1981 el Seminario ha estado dirigido por sacerdotes diocesanos y ha tenido hasta el momento 8 rectores del Clero diocesano, siendo el primero Mons. Juan Severino Germán, hasta el actual el P. Francisco Jiménez.